1954-ben otthagyta a Shochiku-t a magasabb fizetést ajánló Nikkatsu kedvéért. Itt készítette el első saját filmjét, a Stolen Desire-t, 1958-ban. Ez a film vándorszínészek életét mutatta be, akik a kabuki színázat striptease show-kkal dobták fel. Imamura már ebbe is belerakta a későbbiekben a munkáit fémjelző bizarr és vitákra okot adó témáit. A Nikkatsu azonban nem volt túl lelkes Imamura radikális ötleteítől és könnyedebb filmek készítésére kötelezték, ami nem nagyon tetszett neki. A Nishi Ginza Station egy pop-dalon alapuló vígjáték volt, az Endless Desire és a My Second Brother is hasonlóan könnyed alkotás volt, egyik sem elégítette ki Imamura igényeit, még azzal együtt sem, hogy ez utóbbit több díjra is jelölték.
Az 1961-es Pigs and Battleships már sokkal inkább kedvére való volt, egy vad és energikus történetet rendezhetett a Yokosuka közelében levő amerikai légibázisról és annak a japán társadalom alacsony rétegével való kapcsolatáról. A Nikkatsu-t sokkolta a film és az általa kiváltott Amerika ellenes érzelmek, így két évre letiltotta Imamura-t a további rendezéstől. A következő filmjei, az 1963-as The Insect Woman és az 1964-es Unholy Desire (Intentions of Murder néven is ismert) azonban változatlan stílusúak lettek. Ezzel a három filmmel és az értük kapott rengeteg díjjal Imamura a japán új hullám vezető alakja lett. Ahogy mondta később, „Szeretek rendetlen filmeket készíteni és az emberi test alsó részének a társadalom alsó részével való kapcsolata érdekel. Azt kérdezem magamtól, mi különbözteti meg az embert a többi állattól. Mi az ember? További filmek készítésével keresem a választ.”
1965-ben létrehozta saját filmes cégét, az Imamura Productions-t, hogy sokkal szabadabban készíthessen filmeket a stúdiók véleményének figyelembevétele nélkül. Első független műve, a The Pornogrpahers, egy szabad adaptációja volt Nozaka Akiyuki 1963-as regényének. Érdeklődését kiemelendő egy alcímet is adott a filmnek, ez volt az „An introduction to Anthropology through the Pornographers”. Ezután a dokumentumfilmes stílusban próbálkozott, mégpedig az 1967-ben forgatott A man vanishes című filmmel. A következő évben készített The profound desire of the gods a modern és a tradícionális társadalmak ütközetét mutatta be egy déli szigeten. Ez volt az egyik legmerészebb és legdrágább Imamura project, de kevés bevételt hozott, így Imamura visszamenekült a kisebb, dokumentarista jellegű filmekbe.
A History of Postwar Japan as Told by a Bar Hostess és a Karayuki-san, the Making of a Prostitute már ebben a stílusban készült és mind a kettő Imamura egyik kedvenc témájával foglalkozott, erős nőkről szólt, akik a Japán társadalom szélén kűzdenek a túlélésért. Az 1979-ben készített Vengeance is mine egy tradícionálisabb, narratív film volt, a története egy 1963-as sorozatgyilkossággal foglalkozott.
1975-ben megalapította a Yokohama Vocational School of Broadcast and Film iskolát. Ebben az iskolában tanult Miike Takashi is, aki az 1987-es Zegen című filmben Imamura segédrendezője volt. De ugyanitt végzett a koreai Hwang Byung-Guk (Wedding Campaign) is.
A 80-as években négy új filmmel jelentkezett, ebből kettő csúnya szóval remake volt, de sokkal helyesebb kifejezás rájuk a régi film teljes újraértelmezése. Az 1981-ben forgatott Why Not (Eejanaika) eredetije 1957-ben készült Kawashima Yuzo rendezésében, a címe Sun in the last days of the Shogunate volt. A forgatókönyv elkészítésében Kawashimának anno sokat segített Imamura, aki aztán ’81-ben saját rendezésében, önmaga elvárásainak megfelelve készítette el belőle a saját változatát. Mint az eredeti változat címéből is látszik, ez egy történelmi film volt, ami az 1860-as években játszódott Edo városában. Két évvel később, 1983-ban készítette el egyik leghíresebb filmjét, Ballad of Narayama címmel, ami Kinoshita Keisuke 1958-as, ugyanilyen című filmjének újraértelmezése. A történet egy völgyben fekvő kis faluban játszódik, ahonnan minden évben, aki eléri a 70 éves kort, fel kell mennie életét befejezni a hegyre és soha többet nem térhet vissza a faluba. A film főhőse 69 éves és csak akkor akar eltávozni meghalni, ha már biztos benne, hogy legidősebb fia talált magának feleséget. A filmért Imamura elnyerte a Cannes-i Filmfesztivál Arany Pálma díját.
Négy év szünet után, 1987-ben a Zegen című szatirikus filmmel jelentkezett, ami a Meiji korszak Japánját mutatta be Imamura sajátos szemszögéből, az 1989-es Black Rain pedig Ibuse Masuji regényének megfilmesítése, aminek egy, a hiroshimai atomtámadást túlélt fiatal nő volt a főhősnője. A film nemcsak Japánban, hanem világszerte nagy elismerésben részesült.
Némi betegeskedés, valamint pénzügyi problémák miatt csak igen sokára, 1997-re készült el a következő rendezésével, a The Eel-lel. Ebben a filmben már, ugyanúgy, mint a további összesben, segítségére volt legidősebb fia, a szintén filmes pályát választó Dengan Daisuke is. Ezért a filmért ismételten Arany Pálma díjat nyert Cannes-ban, bekerülve egy nagyon szűk elitbe, aki többször is megnyerte ezt a díjat. A történet pedig egy „ordinary salaryman”-ről szól, aki megöli hűtlen feleségét, majd 8 év börtön után szabadul és szinte senki mással nem beszél, csak egyetlen „barátjával”, egy angolnával. Egy évvel később a Dr. Akagi című háborús drámával jelentkezett, amit részben apja emlékeiből állított össze. Utolsó filmjét 2001-ben készítette Warm water under a red bridge címmel, ami (nem először) egy meglehetősen pikáns sztori. Bekerült azon 11 rendező közé is, aki egy-egy rövid történettel mutatta be gondolatait a 2001. szeptember 11-i eseményekkel kapcsolatban, ezzel zárult munkássága.
Erős dohányos volt, aki nem vetette meg az alkoholt még annak ellenére sem, hogy a 20-as évei végétől kezdve cukorbeteg volt. Májrákot állapítottak meg nála 2005 nyarán és hiába ment keresztül néhány műtéten, a rák más szerveire is átterjedt. Többszöri kórházi kezelés után, utolsó hetét félálomban töltve, 2006. május 30-án érte a halál. 79 éves volt.
A filmes szakma Japán második legfontosabb rendezőjének tartja Kurosawa Akira után, azonban amíg Kurosawa filmjei relatíve könnyen emészthetőek a nagyközönség számára is, Imamura művészete sokkal elvontabb, nehezen befogadható. Sok addig teljesen elfogadott filmes tételt tagadott, filmjeiben például gyakori eset, hogy a kép és a hang nincs szinkronban egymással (remek példa erre az A man vanishes).